Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie w wyroku z 13 lipca 2021 r. orzekł, że spółka komandytowa, jako płatnik, nie musi pobierać podatku od zaliczek wypłacanych komplementariuszowi aż do zakończenia roku podatkowego tej spółki. Dopiero wtedy znana będzie bowiem wysokość podatku należnego od zysku spółki komandytowej, przypadającego na danego komplementariusza o którą należy pomniejszyć podatek należny od komplementariusza.

Spory dotyczące podatku należnego od wypłaty komplementariuszowi spółki komandytowej zaliczki na poczet zysku trwają od początku 2021 r. – tj. od czasu objęcia spółek komandytowych podatkiem CIT. W założeniu komplementariusz spółki komandytowej pozostaje jednokrotnie opodatkowany, mimo że spółka komandytowa od b.r. stała się podatnikiem podatku CIT. W tym celu funkcjonuje mechanizm zgodnie którym kwota zryczałtowanego podatku od wypłaty zysku na rzecz komplementariusza podlega zmniejszeniu o część CIT zapłaconego przez spółkę komandytową za dany rok podatkowy, proporcjonalnie do udziału danego komplementariusza w zysku spółki komandytowej. Niestety ustawodawca nie uregulował wprost postępowania w sytuacji wypłaty zaliczki na poczet zysku spółki komandytowej w trakcie roku podatkowego, nie jest jeszcze znana wysokość CIT za dany rok podatkowy.

W wydanych do tej pory interpretacjach indywidualnych Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej zajął stanowisko negatywne dla komplementariusza spółki komandytowej, zgodnie z którym spółka komandytowa wypłacając komplementariuszowi zaliczki na poczet udziału w zysku tej spółki musi pobrać podatek od całej kwoty wypłaty. Dopiero po zakończeniu roku podatkowego i obliczeniu należnego podatku CIT od zysku spółki komandytowej za rok podatkowy komplementariusz może zastosować mechanizm obniżenia zryczałtowanego podatku od wypłaty zysku i ubiegać się o zwrot nadpłaty. W praktyce oznacza to duże obciążenie podatkowe komplementariusza, któremu spółka wypłaca zaliczkę na poczet jej zysku, mimo że w założeniu komplementariusz takiej spółki powinien być tylko jednokrotnie opodatkowany.

W przełomowym wyroku WSA w Krakowie (sygn. akt I SA/Kr 792/21) uznał, że: „Jeżeli do obliczenia wysokości podatku od komplementariusza, zgodnie z art. 30a ust. 6a u.p.d.o.f., konieczne jest poznanie wysokości podatku należnego spółki, to obowiązek podatkowy komplementariusza powstały z chwilą wypłaty mu zaliczki na poczet udziału w zyskach, przekształci się w zobowiązanie podatkowe w momencie obliczenia dochodu tej spółki na podstawie art. 19 u.p.d.o.p. Dopiero wówczas znana będzie wysokość podatku do zapłaty przez komplementariusza. W konsekwencji w tym momencie płatnik będzie mógł zrealizować swój obowiązek w postaci obliczenia podatku, zaś w dalszej kolejności pobrania go i wpłacenia właściwemu organowi podatkowemu. Tylko w taki sposób płatnik zrealizuje wynikający z art. 41 ust. 4e u.p.d.o.f. obowiązek pobrania podatku z uwzględnieniem zasad określonych w art. 30a ust. 6a-6e u.p.d.o.f. Wypłacając komplementariuszom w trakcie roku podatkowego zaliczki na poczet zysku, spółka komandytowa nie ma obowiązku pobierania zryczałtowanego podatku dochodowego, o którym mowa w art. 30a ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.f. Ustawodawca w zakresie tego podatku nie wprowadził obowiązku pobierania zaliczek przez płatnika, zaś obliczenie wysokości podatku powinno odbywać się według zasad określonych w art. 30a ust. 6a u.p.d.o.f. Jest to natomiast możliwe dopiero po obliczeniu podatku należnego spółki komandytowej za rok podatkowy, z którego przychód z tytułu udziału w zysku został uzyskany.”.

Reasumując, zdaniem Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie, spółka komandytowa nie musi pobierać podatku od zaliczek wypłacanych komplementariuszowi aż do zakończenia roku podatkowego tej spółki. Dopiero wtedy znana będzie bowiem wysokość podatku należnego od zysku spółki komandytowej, przypadającego na danego komplementariusza o którą należy pomniejszyć podatek należny od komplementariusza. Tylko taki sposób rozumienia przepisów ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, zdaniem Sądu, odpowiada zamiarowi ustawodawcy, zmierzającemu do zakazu podwójnego opodatkowania zysku komplementariusza spółki komandytowej.

Kancelaria Madejczyk służy pomocą w zakresie wniesienia wniosku o wydanie indywidualnej interpretacji podatkowej dla komplementariuszy spółek komandytowych w zakresie wypłaty zaliczek na poczet zysku w trakcie roku podatkowego.